对于构成非法集资诈骗罪的公司员工，如果是起主要作用的领导或直接责任人的，则按照集资诈骗罪的有关规定进行处罚，对于其辅助或次要作用的员工，应当按照集资诈骗罪的规定，在法定的量刑基础上，根据其犯罪事实、情节和社会危害程度，从轻、减轻处罚或者免除处罚。
法律依据：《中华人民共和国刑法》第一百九十二条 以非法占有为目的，使用诈骗方法非法集资，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产
第二十六条组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的或者在共同犯罪中起主要作用的，是主犯。 三人以上为共同实施犯罪而组成的较为固定的犯罪组织，是犯罪集团。 对组织、领导犯罪集团的首要分子，按照集团所犯的全部罪行处罚。 对于第三款规定以外的主犯，应当按照其所参与的或者组织、指挥的全部犯罪处罚。
第二十七条在共同犯罪中起次要或者辅助作用的，是从犯。 对于从犯，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。
第二十对于被胁迫参加犯罪的，应当按照他的犯罪情节减轻处罚或者免除处罚。
