公司法人代表变更协议有效，协议由变更后的公司继续履行。公司法人代表变更的，应当依法办理变更登记。协议对当事人具有法律约束力，公司不得因法人代表变更而不履行合同义务。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一百一十九条
依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。
第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。
第五百三十二条
合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。
